เกาะหลีเป๊ะอยู่ใต้สุดของฝั่งอันดามัน ในเขตอุทยานแห่งชาติตะรุเตา จังหวัดสตูล ใกล้ชายแดนทางทะเลกับมาเลเซีย ความห่างไกลจากเมืองใหญ่คือเหตุผลที่น้ำทะเลรอบเกาะยังใสและแนวปะการังยังสมบูรณ์ในหลายจุด
เกาะมีขนาดเล็กพอที่จะเดินข้ามได้ หาดหลักคือหาดพัทยาทางใต้ซึ่งเป็นจุดที่เรือเข้าออก หาดซันไรส์ทางตะวันออก และหาดซันเซ็ตทางตะวันตก โดยมีถนนคนเดินเชื่อมกลางเกาะเป็นแหล่งร้านอาหารและที่พัก
การเดินทางมาเกาะหลีเป๊ะต้องต่อหลายทอดเสมอ เส้นทางหลักคือเข้าทางท่าเรือปากบารา จังหวัดสตูล หรือท่าเรือในจังหวัดตรัง และในบางฤดูกาลยังมีเรือเชื่อมจากเกาะลันตาและเกาะพีพีลงมาถึง
ข้อควรรู้คือเกาะไม่มีท่าเทียบเรือคอนกรีต การขึ้นฝั่งใช้เรือหางยาวรับช่วงจากเรือใหญ่เข้าหาด ควรเตรียมรองเท้าที่เปียกได้และถุงกันน้ำสำหรับของสำคัญ นอกจากนี้ต้องชำระค่าธรรมเนียมเข้าอุทยานตามระเบียบ และควรเตรียมเงินสดไว้เพราะร้านค้าบางส่วนรับเฉพาะเงินสด
เนื่องจากอยู่ฝั่งอันดามัน ช่วงที่เหมาะกับการเดินทางคือฤดูที่ทะเลสงบ ส่วนช่วงมรสุมตะวันตกเฉียงใต้เที่ยวเรือบางเส้นทางจะลดลงหรือหยุดให้บริการ